Nano Machine mengisahkan seorang pewaris klan yang dianggap lemah dan rendah oleh anggota keluarganya. Hidupnya mulai berubah saat menerima teknologi nano canggih yang memberikannya kekuatan luar biasa dan kemampuan yang sebelumnya tidak pernah dia miliki. Dengan bantuan mesin nano ini, ia memulai perjalanan untuk membuktikan kekuatannya dan memulihkan kehormatan keluarganya. Dalam perjalanan tersebut, dia menghadapi berbagai ancaman dari musuh-musuh kuat yang ingin menghancurkan klan dan teknologi nano itu sendiri. Konflik demi konflik membuatnya semakin matang dan kuat, sekaligus membuka rahasia lebih dalam tentang teknologi nano dan dunia di sekitarnya yang penuh intrik serta persaingan sengit antar klan dan kerajaan.